學校前身是安慶衛生學校，辦學歷史可以追溯到1943成立的“安徽省省立立煌高級助產護士職業學校”，是安徽省最早開辦的公立醫學教育學校。2007年3月，獨立升格為安慶醫藥高等專科學校，填補了皖西南醫藥高等教育空白。
學校占地面積630畝，建筑面積14萬方米，教學儀器設備值4千余萬元。現有教職醫護員工633人。其中，教授3人（二級教授1人），主任（中）醫師3人，副教授、副主任（中）醫師等副高級職稱77人，具有碩士及以上學位教師106人。省學科帶頭人1人、高職高專專業帶頭人5人、先進工作者1人、優秀教師4人、教學名師4人、教壇新秀8人，享受國務院政府特殊津貼1人、市政府特殊津貼2人。
現有臨床醫學系、藥學系、護理系以及公共基礎部以及直屬附屬醫院1所，非直屬附屬醫院3所，200家校外實實訓基地。開設臨床醫學、康復治療技術、醫學影像技術、醫學檢驗技術、公共衛生管理、藥學、中藥學、藥品生產技術、藥品質量與安全、藥品經營與管理、保健品開發與管理、護理、助產等13個普通專科專業，在校生8千余人。
醫藥護主干專業已全部獲批為省級專業或專業綜合改革試點專業。現有央財支持的提升專業服務產業發展能力專業2個、實訓基地2個，國家“十一五”重點專科1個，省級專業3個、綜合改革試點專業2個、示范實訓中心4個、教學團隊1個、精品資源共享課程5門、校企合作實踐教育基地1個、教學成果二等獎、三等獎各2項，省高等教育振興計劃項目5項，省中醫藥事業發展專項資金項目1個，市級科技成果獎1項。承擔省自然科學、人文社科類研究重大項目等教科研課題達30余項。校級精品課程18門，省級精品資源共享課程4門。發表論文110余篇。實用新型專利4項。
學校是教育部對口支援西部教育成員單位、中國傳統醫學聯合會副會長單位、全國衛生職業教育康復技術研究會副會長單位、全國衛生高等職業教育協會常務理事單位、全國醫藥職業教育聯盟成員單位，省藥學專業技術人員繼續教育基地，市“紅十字救護培訓基地”。是連續3屆的“全國文明單位”、中華全國總工會“模范職工之家”。
辦學73年來，學校堅持“科學定位，錯位發展，提升內涵，彰顯”的辦學理念，已累計培養了4萬余名應用型人才。
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