北京中醫(yī)藥大學(xué)創(chuàng)建于1956年，是中華人民共和國最早成立的高等中醫(yī)院校之一，是唯一一所進(jìn)入國家“211工程”建設(shè)的高等中醫(yī)藥院校。2000年7月31日原北京中醫(yī)藥大學(xué)與原北京針灸骨傷學(xué)院合并，組成新的北京中醫(yī)藥大學(xué)，并成為直屬國家教育部管理的重點大學(xué)。

學(xué)校現(xiàn)設(shè)有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院、中藥學(xué)院、針灸學(xué)院、管理學(xué)院、護(hù)理學(xué)院、國際學(xué)院、遠(yuǎn)程教育學(xué)院、繼續(xù)教育學(xué)院、臨床醫(yī)學(xué)院、文法系、臺港澳中醫(yī)學(xué)部等教學(xué)機(jī)構(gòu)。
學(xué)校致力于構(gòu)建面向新世紀(jì)的以高層次教育為主體的人才培養(yǎng)體系，目前設(shè)有中醫(yī)學(xué)、中藥學(xué)、制藥工程、針灸推拿學(xué)、公共事業(yè)管理(衛(wèi)生事業(yè)管理)、工商管理(中藥企業(yè)管理)、護(hù)理學(xué)、英語（醫(yī)學(xué)）、法學(xué)（醫(yī)藥衛(wèi)生）9個專業(yè)。其中中醫(yī)學(xué)七年制含科研方向、針推對外交流方向、中西醫(yī)結(jié)合方向等9個培養(yǎng)方向班，分別與南開大學(xué)、清華大學(xué)、北京師范大學(xué)和中日友好醫(yī)院等單位聯(lián)合培養(yǎng)。
截止2003年9月，學(xué)校各類在校生達(dá)到16160名，其中本專科生5950名，碩士研究生688名，博士研究生356名，來自41個國家和地區(qū)的留學(xué)生758名，臺港澳學(xué)生416名，遠(yuǎn)程教育學(xué)員4897名，繼續(xù)教育學(xué)員3095名。
我校是全國中醫(yī)藥院校中首批建立博士學(xué)科點和博士后科研流動站的單位之一，中醫(yī)學(xué)、中藥學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)學(xué)3個一級學(xué)科均具有博士學(xué)位授予權(quán)，并均設(shè)有博士后科研工作流動站。學(xué)校現(xiàn)有6個國家級重點學(xué)科，10個部局級重點學(xué)科，3個北京市重點學(xué)科，重點學(xué)科建設(shè)在全國中醫(yī)藥院校中保持領(lǐng)先地位。
學(xué)校現(xiàn)有教育部重點實驗室１個，北京市重點實驗室2個，國家中醫(yī)藥管理局重點研究室2個。學(xué)校是國家理科人才培養(yǎng)基地、國家生命科學(xué)與技術(shù)人才培養(yǎng)基地，建設(shè)有“教育部中藥制藥與新藥開發(fā)關(guān)鍵技術(shù)工程研究中心”、“教育部高等學(xué)校中醫(yī)藥現(xiàn)代化網(wǎng)上合作研究中心”，并與北京師范大學(xué)共建“國家大學(xué)科技園”。
創(chuàng)辦于1958年的附屬東直門醫(yī)院是學(xué)校臨床教學(xué)及醫(yī)療、科研基地。經(jīng)過半個世紀(jì)的艱苦創(chuàng)業(yè)，已發(fā)展成為一所醫(yī)教研力量雄厚、科室齊全、設(shè)備完善、綜合服務(wù)能力強(qiáng)并具有中醫(yī)專科專病的綜合性三級甲等醫(yī)院。附屬東方醫(yī)院于1999年開診，已建設(shè)成環(huán)境優(yōu)美、布局合理、設(shè)備先進(jìn)、人才優(yōu)化、管理科學(xué)、醫(yī)療水一流、中醫(yī)突出、具有綜合服務(wù)功能的國家級現(xiàn)代化的綜合性中醫(yī)醫(yī)院。
建于1958年的藥廠擁有雄厚的技術(shù)力量、齊全的生產(chǎn)設(shè)備和先進(jìn)的工藝技術(shù)，現(xiàn)已通過小劑量注射液GMP認(rèn)證。其拳頭產(chǎn)品“清開靈注射液”自1992年以來連續(xù)三次被審定為全國中醫(yī)醫(yī)院急診首選必備藥品。
建校48年來，學(xué)校為國家培養(yǎng)各級各類中醫(yī)藥專門人才2萬余名，為世界87個國家和地區(qū)培養(yǎng)各類中醫(yī)藥人才2342名。幾年來，學(xué)校先后與19個國家和港、澳、臺地區(qū)建立了40個合作項目，與12個國家和地區(qū)的大學(xué)及學(xué)術(shù)團(tuán)體合作開辦了教學(xué)分院和醫(yī)療機(jī)構(gòu)。
學(xué)校主辦有國家一級學(xué)術(shù)期刊《北京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》、《北京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報（中醫(yī)臨床版）》和《中醫(yī)教育》雜志，是中醫(yī)藥學(xué)術(shù)交流的重要園地。