全國一共有29所開設制藥工程專業的大學參與排名，其中排名第一的是中國藥科大學，排名第二的是沈陽藥科大學，全部排名如下：
| 2014制藥工程專業大學排名 | 大學名稱 |
| 1 | 中國藥科大學 |
| 2 | 沈陽藥科大學 |
| 3 | 浙江大學 |
| 4 | 華東理工大學 |
| 5 | 青島科技大學 |
| 6 | 四川大學 |
| 7 | 天津大學 |
| 8 | 河南中醫學院 |
| 9 | 西南大學 |
| 10 | 沈陽化工學院 |
| 11 | 山東大學 |
| 12 | 鄭州大學 |
| 13 | 湖南師范大學 |
| 14 | 山東中醫藥大學 |
| 15 | 長春理工大學 |
| 16 | 貴州大學 |
| 17 | 廈門大學 |
| 18 | 廣州中醫藥大學 |
| 19 | 重慶大學 |
| 20 | 山東輕工業學院 |
| 21 | 中南大學 |
| 22 | 長春工業大學 |
| 23 | 廣東藥學院 |
| 24 | 江西中醫學院 |
| 25 | 華南農業大學 |
| 26 | 河北科技大學 |
| 27 | 黑龍江中醫藥大學 |
| 28 | 海南大學 |
| 29 | 浙江工業大學 |
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