1、資金來源的不同：
民辦學校和公辦學校都是經過相關部門批準才成立的學校，兩者間最大的區別應該就是資金來源不同了。公辦學校是國家撥款，大部分辦學經費都是來自政府；而民辦學校則是要靠自籌，辦學經費主要是來自企業。
2、招生方式的不同：
公辦學校招生是由各當地教委抽取建檔線以上，直接進入高等院校學習深造，而民辦院校則是在高考生進入高考期后，由本校派人直接到各地招收學員，各個學校由于各自的差異，因此在招生時選拔學生的方法也不同。
3、辦學主體的不同：
民辦學校是由民間資本為主體辦學的，其法人代表為最大股份持有者；公辦學校由國家出資辦學，其法人為代表國家機關來管理學校資產者。
4、管理模式不同；
公辦高校實行是黨委領導下的校長負責制，黨委書記實際上成為學校一把手。公辦中小學和幼兒園由區/縣教育局領導下的校長負責制，主要領導權力在當地教育局手中；而民辦學校是由董事會領導下的校長負責制，實際領導權力在大股東的手中。
5、行政體制不同：
公辦學校由于是國家單位的下屬機構，所以其在編工作人員均擁有國家的事業單位編制，并享受國家干部待遇；民辦學校由于是民間機構辦學，因此沒有編制，像一般企業一樣自負贏虧、享受一般企業職工的待遇。
6、辦學條件不同：
由于我國的公有制體制，所以公辦學校往往能夠獲得更多的教學資源，民辦學校相對就比較有限。但在一些基層的中小學和幼兒園，由于規模不大，且辦學者重視，常常會擁有比同類公辦學校更好的條件，當然學費也相對更高。
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